Декарт называет субстанциями только те, которые для своего существования нуждаются лишь в обычном содействии Бога, в отличие от тех, которые нуждаются в содействии других творений и носят названия качеств и атрибутов.

Декарт говорил, что материя делима до бесконечности (атомов и пустоты не существует), а движение объясняется с помощью понятия вихрей. Данные предпосылки позволили Декарту отождествить природу с пространственной протяженностью и представить изучение природы как процесс ее конструирования, как, например, геометрические объекты.

Наука, по словам Декарта, конструирует некоторый гипотетический мир. Этот вариант мира (научный) равносилен всякому другому, если он способен объяснить явления, данные в опыте, т. к. Бог является "конструктором" всего сущего и может воспользоваться для осуществления своих замыслов и этим (научным) вариантом конструкции мира. Такое понимание мира Декартом снимает различие между естественным и искусственным. Растение такой же равноправный механизм, как и часы, сконструированные человеком. Разница лишь в том, что искусность пружин часов настолько же уступает искусности механизмов растения, насколько искусство Высшего Творца отличается от искусства творца конечного (человека). Впоследствии аналогичный принцип был заложен в теорию моделирования разума — кибернетику: "Ни одна система не может создать систему сложнее себя самой". Таким образом, если мир — механизм, а наука в нем — механика, то процесс познания есть конструирование определенного варианта машины мира из простейших начал, которые находятся в человеческом разуме. В качестве инструмента Декарт предложил свой метод, в основу которого легли следующие правила.

1.               Начинать с простого и очевидного.

2.               Путем дедукции получать более сложные высказывания.

3.               Действовать таким образом, чтобы не упустить ни одного звена (непрерывность цепи умозаключений), для чего нужна интуиция, которая усматривает первые начала, и дедукция, которая дает следствия из них.

Как истинный математик, Декарт поставил математику основой и образцом метода и в понятии природы оставил только определения, которые укладываются в математические определения: протяжение (величина), фигура, движение.

Важнейшими элементами метода являлись измерение и порядок.

Понятие цели Декарт изгнал из своего учения, так как было устранено понятие души (как посредника между неделимым умом (духом) и делимым телом).