С точки зрения истории атомистики система Анаксагора представляется противоречивой и во многом загадочной. Из дошедших до нас фрагментов сочинения мыслителя из Клазомен с несомненностью вытекает, что эта система содержала отчетливые элементы стихийного атомизма — того атомизма, который мы обнаружили также у Эмпедокла и к которому ранняя греческая наука подходила самым широким фронтом — от Анаксимена до пифагорейцев.

Учение Анаксагора было, по сути дела, космогонической концепцией, трактовавшей окружающую нас Вселенную как результат длительного и закономерного развития, исходный пункт которого — первичное состояние, представлявшее собою бесформенную и лишенную движения смесь всех вещей. В первичном состоянии все вещи (т. е. качественно-определенные вещества) были раздроблены на бесконечное множество беспредельных по малости частиц, которые не были различимы по причине их малости и потому, что все заполняли эфир и воздух, в первичной смеси преобладавшие над всеми прочими вещами.

До обособления вещей была смесь "влажного и сухого, теплого и холодного, светлого и темного, и земли, содержащейся в большом количестве, и беспредельных по множеству семян, ни в чем не похожих друг на друга". В этом состояло существеннейшее отличие "семян" Анаксагора от бескачественных атомов Левкиппа и его последователей. Другое отличие состояло в том, что "семена" Анаксагора, в противоположность атомам Левкиппа-Демокрита, были "беспредельными по малости". Как бы ни было мало данное семя, можно найти бесчисленное множество семян, которые будут еще меньше, и которые будут обладать теми же качествами — формами, цветами, вкусами и запахами. Понятие "беспредельного по малости" в этом учении, по сути дела, очень напоминает понятие бесконечно малой величины (т. е. такой переменной величины, пределом которой является нуль) в современном математическом анализе. Мы сталкиваемся здесь с одним из тех поразительных предвосхищений, которыми так богата древнегреческая наука. Третье отличие "семян" Анаксагора от атомов Левкиппа и Демокрита — в любой сколь угодно малой частице любого вещества (в том числе и в любом семени) содержатся все существующие в природе вещества и качества.

Когда Анаксагор называет противоположности сухого и влажного, светлого и темного и т. д., он, по сути дела, имеет в виду стихии, являющиеся комбинациями в различных пропорциях этих противоположных качеств (огонь, воздух, воду и землю). Но при этом надо остерегаться прямого отождествления стихий с соответствующими