После некоторого периода стабилизации, с 1939 г. в Прибалтике начались новые движения государственных границ, связанные с приближением Второй мировой войны. В марте этого года Германия, готовившаяся к вторжению в Польшу, силой вернула себе Клайпеду (Мемель) с окрестностями, а в сентябре Литва получила своеобразную компенсацию за эту потерю — Виленский край. При этом граница между Литвой и Белоруссией прошла значительно ближе к Вильнюсу, чем это было в 1918 – 1920 гг.: Гродно, Лида, Ошмяны, Сморгонь стали белорусскими, Сувалки были оккупированы фашистской Германией (с 1945 г. Сувалки в составе Польши).

После нападения германских захватчиков на Польшу и развала польского государства Советское правительство 17 сентября 1939 отдало приказ Красной Армии перейти государственную границу и взять под защиту жизнь и имущество населения Западной Украины и Западной Белоруссии, отторгнутых панской Польшей в 1920 г. 17 сентября 1913 г. Красная Армия взяла под защиту также Вильнюс и Вильнюсский край, которые были возвращены Советским правительством Литве. 5 сессия Верховного Совета СССР (1 – 2 ноября 1939) удовлетворило просьбу народов Западной Украины и Западной Белоруссией о принятии их в Союз ССР. Западная Украина воссоединилась с УССР, Западная Белоруссия — с БССР.

В сентябре – октябре 1939 г. СССР заключил договоры о взаимопомощи с Эстонией, Латвией и Литвой. Попытки правящих кругов этих стран саботировать выполнение заключенных с СССР пактов вызвали возмущение народов Прибалтики, в результате чего в июне 1940 г. буржуазно-националистического правительства, после двадцатилетнего господства, были свергнуты. 14 и 15 июля 1940 г. состоялись выборы в Народные сеймы Литвы и Латвии и Государственную думу Эстонии. В июле литовский, латышский и эстонский народы восстановили в своих странах Советскую власть. Образовались Латвийская, Литовская и Эстонская Советские Социалистические Республики, которые в августе 1940 г. добровольно вступили в состав Союза ССР.

В ноябре 1939 финская военщина по указке фашистской Германии и реакционных сил других стран спровоцировала войну с СССР. В ответ на это Советский Союз вынужден был начать боевые действия, чтобы обеспечить безопасность своих северо-западных границ. Советские войска прорвали мощную оборонительную линию и вынудили Финляндию к капитуляции. Заключенный 12 марта 1940 советско-финляндский мирный договор устанавливал между СССР и Финляндией новую государственную границу, обеспечивающую безопасность Ленинграда и Мурманска. К СССР был присоединен Карельский перешеек с г. Выборгом (Випури). 31 марта 1940