Ивана III, наконец, исчезли удельные княжества. После смерти Андрея Меньшого (1481 г.) и двоюродного дяди великого князя Михаила Андреевича (1486 г.) прекратили своё существование Вологодский и Верейско-Белозерский уделы. Печальна была судьба Андрея Большого, удельного князя углицкого. В 1491 г. он был арестован и обвинён в измене. Старший брат припомнил ему и мятеж в тяжёлом для страны 1480 году, и другие его "неисправления". Сохранилось свидетельство, что впоследствии Иван III раскаивался в том, сколь жестоко он обошёлся с братом. Но что-либо изменить было уже поздно — после двух лет заключения Андрей умер. В 1494 г. скончался последний брат Ивана III — Борис. Свой Волоцкий удел он оставил сыновьям Федору и Ивану. По завещанию, составленному последним, большая часть причитавшегося ему отцовского наследства в 1503 г. перешла к великому князю. После смерти Ивана III удельная система в прежнем своём значении никогда уже не возрождалась. И хотя он наделил своих младших сыновей Юрия, Дмитрия, Семена и Андрея землями, они уже не имели в них реальной власти. Уничтожение старой удельно-княжеской системы потребовало создания нового порядка управления страной.

В конце XV в. в Москве начали формироваться органы центрального управления — "приказы", которые были прямыми предшественниками петровских "коллегий" и министерств XIX в. В провинции главную роль стали играть наместники, назначавшиеся самим великим князем. Претерпевало изменение и войско. На место княжеских дружин приходили полки, состоящие из помещиков. Помещики получали от государства на время своей службы населённые земли, которые и приносили им доход. Земли эти назывались "поместьями". Провинность или раннее прекращение службы означали потерю поместья. Благодаря этому помещики были заинтересованы в честной и долгой службе московскому государю.

В 1497 г. был издан Судебник — первый общегосударственный свод законов со времён Киевской Руси. Судебник вводил единые правовые нормы для всей страны, что явилось важным шагом к упрочению единства русских земель.

В 1490 г. в возрасте 32 лет скончался сын и соправитель великого князя, талантливый полководец Иван Иванович Молодой. Его смерть привела к долгому династическому кризису, который омрачил последние годы жизни Ивана III. После Ивана Ивановича остался малолетний сын Дмитрий, представлявший старшую линию потомков великого князя. Другим претендентом на престол был сын Ивана III от второго брака, будущий государь всея Руси Василий III (1505 – 1533 гг.). За