Особо следует остановиться на портах Эстонии. За годы Советской власти в Эстонии был построен мощный и современный комплекс портовых сооружений. Эстонские порты были созданы для нужд бывшего Советского Союза, поэтому неудивительно, что их возможности далеко превышают внутренние потребности Эстонии. Основную часть грузов составляет транзит. Сейчас на него приходится 75-78% грузооборота(22). У Эстонии имеется 79 портов, из них экспортно-импортным требованиям соответствуют 19. Наиболее крупные порты Эстонии- Мууга, Кесклинна, Палдиски и Копли. Все они входят в состав ГАО “Tallinna Sadam”. (17)

 Самым важным портом является порт Мууга, через который в 1996 году было вывезено 14 миллионов тонн груза. Жидкое топливо составило 5,8 миллиона тонн из этого объема. По наиболее оптимальным прогнозам в 2010 году через порты Эстонии  пройдет 40 мил. тонн груза, по пессимистическим - 29 млн. Последний вариант , по мнению министра наиболее вероятен, поскольку в течении последних трех лет удельный вес транзитной торговли снизился.

Существует очень много проблем между Россией и Эстонией в области транзита. И можно сказать, что проблем возникает все больше и больше. Так с первого марта сего года Министерство транспорта России изменяет требования, установленныедля эстонских автоперевозчиков при транспортировке грузов и перевозке людей в Россию. Теперь они должны иметь специальное разрешение на перевозку, которое выдается Эстонской ассоциацией международных автомобильных перевозок.

Вопрос транзита стал очень болезненным. Эстонии нужно налаживать отношения с российскими структурами - государственными, таможенными, транспортными, чтобы снять больные вопросы, отрегулировать безопасность грузопотока, ликвидировать контробанду. Проблемы нужно решать на разных уровнях и срочно, иначе грузопоток из Европы может вообще миновать Эстонию; уже в этом году будет сдан мост через пролив между Данией и Швецией,