Вслед за колокольней, к востоку от нее, появился На­стоятельский корпус (1684—1689 гг.). В 1685 году настоя­тель монастыря Иосиф сообщал новгородскому митрополи­ту Корнилию, требовавшему из Валдая каменщиков в Зеленецкую пустынь: «...свое каменное строение заведено немалое и кельи каменные заведены строить, да не совер­шены, чтоб сево лета под кровлю их привести...» В этом документе речь, безусловно, идет о Настоятельском корпу­се. Следовательно, закладку здания можно отнести к 1683— 1684 годам. В 1686 году в нем велись отделочные работы. Позднее начали делать кровлю, а в 1688—1689 годах устраи­вали потолки, мостили полы. Работы выполняли плотники Иван Исаев, Андрей Яковлев, Андрей Стефанов, Остап Кон­дратьев и Ермолай Фомин «с товарищи». Строительство всего здания возглавлял Афанасий Фомин.

Длина Настоятельского корпуса вместе с пятигранной пристройкой на востоке — 38,5 метра, ширина — 12,5 метра. В настоящее время здание имеет два этажа и подвалы. По­скольку корпус стоит на склоне оврага, с южной стороны стены подвалов возвышаются над землей и воспринимаются как этаж.

Уцелевшие на восточном фасаде незначительные фраг­менты декора и изразцовое окно напоминают о его прежней архитектуре. Наблюдения при ремонтных работах и не­большие раскрытия штукатурки на фасадах позволили определить первоначальный наряд этого здания. В отличие от южного фасада, обращенного в сторону оврага и решен­ного в скупых, лаконичных формах, без какого-либо декора, северный и восточный фасады, развернутые к площади и Успенскому собору, были богато декорированы различного рода нишками, вертикальными колонками-валиками, пояс­ками и изразцово-кирпичными наличниками окон. Весь на­бор декоративных элементов был собран в широкий фриз, протянувшийся по всей длине фасадов и занимавший про­странство стены на уровне оконных проемов. Поднимав­шиеся на высоту 2,5—3 метров над землей стены подвалов были лишены каких-либо украшений. Над наличниками окон начинался развитой, рельефный фриз здания. Разно­цветные изразцы трех типов были вкомпонованы в горизон­тальный пояс под подоконниками окон и